存量留抵税额以年3月31日为基准日，纳税人月末的免税额为基准额。按照“月末增值税留抵-年3月31日增值税留抵”公式计算。存量留抵税额是之前多预缴的税，6月前一次性退还。
存量留抵税额为比较值，即如果本期期末税额大于或等于年3月31日期末税额，存量留抵税额为年3月31日期末税额；如果本期最终税额小于年3月31日的税额，存量留抵税额为本期最终税额。存量留抵税额是指纳税人根据《财政部国家税务总局关于进一步加强增值税期末盈余公积税收政策执行工作的公告》，将当期期末留抵税额与年3月31日期末留抵税额进行比较后确认的用于退税的金额。
比如年3月31日免税额万元，年7月末免税额万元。年3月31日至年7月31日期间，未取得一次性股票免税额的，年8月申请的增量退税金额为20万元。如果8月份税务局退回20万，那就是年了。
实行增值税链条抵扣机制，应纳税额为纳税人当期销项税额扣除进项税额后的余额。纳税人购进货物或者应税劳务、服务、无形资产和不动产时，支付价款以外的增值税为企业的进项税额。上游企业属于一般纳税人，采用一般计税方法的，为上游企业的销项税，上游企业属于小规模纳税人的，为上游企业的应纳税额。