办理在建工程抵押时，多地抵押登记机关要求在建工程抵押人必须为主债务人，且贷款资金必须用于该在建工程的建设，导致债务人外的第三人提供在建工程抵押无法办理登记，限制了实体经济融资。登记机关的依据主要是《城市房地产抵押管理办法》的以下规定：
本办法所称在建工程抵押，是指抵押人为取得在建工程继续建造资金的贷款，以其合法方式取得的土地使用权连同在建工程的投入资产，以不转移占有的方式抵押给贷款银行作为偿还贷款履行担保的行为。
在金融机构融资实务中，为成功办理抵押登记、促进交易融资的达成，采取的方式主要为：
1、当事人另行签署专用于办理抵押登记的主债权合同，约定：（1）抵押人为共同债务人，对主债务承担连带清偿责任；（2）贷款资金用于抵押的在建工程建设。
2、同时，在真实履行的贷款合同中约定上述主债权合同签署的目的仅为了办理抵押登记，如出现约定不一致的，以该份贷款合同约定为准。而贷款合同实际履行过程中，资金也并非用于抵押的在建工程建设。
另行签署的专用于抵押登记的合同是否有效？
对于签署的专用于办理抵押登记的合同效力问题，存在着不同意见。有观点认为签署的专用于办理抵押登记的合同为虚假意思表示，根据《民法总则》第一百四十六条第一款规定，合同应无效，当事人可申请抵押登记机关撤销抵押登记。本人不同意这种观点。
第一，所谓虚伪表示，是指行为人与相对人都知道自己所表示的意思并非真意，通谋作出与真意不一致的意思表示，双方均不希望此行为能够真正发生法律上的效力。虚伪表示背后隐藏的民事法律行为，体现了双方当事人的真实意思表示，原则上不应否定其效力。[ii]当事人签署专用于办理抵押登记的合同，该合同中约定了资金用于抵押的在建工程建设的条款，该条款因与真实意思表示不一致应无效，但不必然导致整个主债权合同以及抵押合同无效。当事人以在建工程办理抵押登记的真实意思表示是一致的，该意思表示只要不违反法律、行政法规的强制性规定且不违背公序良俗，不应否定其效力。
第二，《物权法》规定在建工程抵押时并未限制抵押权人、并未限制抵押人仅能为自己作为债务人的债权提供担保[iii]、也并未限制主债务资金的具体用途，其本意是在建工程抵押可以担保任何合法的债权。《不动产登记暂行条例》及其实施细则也并未对在建工程抵押作出以上限制。《城市房地产抵押管理办法》第3条的规定缺乏上位法依据。
司法实践中也普遍认为，在没有其他合同无效理由的情况下，用于办理抵押登记的合同不因其资金用途与实际不一致而无效，抵押权自登记时设立。
在()甘02民终号民事判决书中：
恒盛公司辩称：嘉峪关农商行存在过错，在建工程抵押违反了相关法律规定，侵犯了恒盛公司的合法权益，自始无效，应不受法律保护……红安公司仅是在建工程占有土地的使用权人，并非借款合同的债务人，同时贷款目的是为材料、酒店装修并非用于后续工程建设……嘉峪关农商行未尽到审核义务，其主观存在过错，不存在善意取得。二审法院认为：依据《中华人民共和国物权法》第一百八十七条规定，以正在建造的建筑物抵押的，应当办理抵押登记。抵押权自登记时设立……在建工程抵押登记形式要件齐备，故嘉峪关农商行的抵押权合法有效。恒盛公司虽抗辩嘉峪关农商行，非善意取得人，但未提交证据证明，故对其抗辩理由本院不予采纳。
在（）辽行初46号行政判决书中：
原告诉称：本案的在建工程抵押的目的明显不是为了海伦堡项目继续建造的资金，而是为了规避东岳融公司对鹏翔公司1.62亿元债权的风险，利用黑白两套虚假的合同骗取了登记手续，因本案抵押登记目的不合法，且存在利用虚假合同骗取登记的情况，故该抵押登记应予撤销。原告向本院提供如下证据：锦州银行沈阳大西支行、沈阳鹏翔公司、北京中商荣盛贸易有限公司签订了两份借款合同，其中一份合同约定的借款用途为“用于‘海伦堡’开发建设用款”，另一份合同约定的借款用途为“偿还北京东岳融科技有限公司借款”，合同其他内容包括合同编号在内均一致，而被告用以办理抵押登记的借款合同中约定的借款用途是用于“海伦堡”开发建设用款。本院认为，不动产登记行政机关作出的在建工程抵押权登记，是对抵押人与抵押权人之间所签订的抵押合同所设定的权利义务关系的一种确认，且申请人提供的抵押合同是建立在当事人意思自治基础之上的，不动产登记行政机关需要对提供的申请材料是否齐全且是否符合法定形式履行法定审查义务……关于原告认为实际履行的是偿还借款的合同，故该份借款合同是真实的，另一份约定借款用途为用于海伦堡项目建设的借款合同是虚假的观点，原告不能提供证据支持，本院不予采纳。关于原告认为借款未用于在建工程，故在建工程抵押权登记违法的观点，因法律并未要求登记机关对于在建工程抵押借款的用途行使监督权，故在建工程抵押借款的资金流向不能否定在先的抵押权登记的效力，原告的观点本院不予采纳。
此外，在（）冀民初号、（）鄂民初号民事判决中，法院也认为抵押登记合法有效。
《民法总则》第一百四十六条 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。
[ii]参见李适时主编：《中华人民共和国民法总则释义》，法律出版社版，P-P.
[iii]《物权法》第一百八十条债务人或者第三人有权处分的下列财产可以抵押：……（五）正在建造的建筑物。
